Lavado de cerebro

Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric intentan resucitarla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia funciona sobre la teoría del intercambio equivalente, y romper el tabú de la alquimia humana tiene un gran precio. Edward pierde su pierna y Alphonse todo su cuerpo. Edward es capaz de sellar el alma de Alphonse en el interior de una enorme armadura a costa de su brazo. Años más tarde Edward (ahora con dos miembros mecánicos y Alphonse (aun atrapado en la armadura) dejan la casa de su infancia. Edward, quien tiene un talento natural para la alquimia, se certifica nacionalmente y pronto es conocido como el Alquimista de Metal (Fullmetal Alchemist). Su verdadero objeto es buscar cualquier información sobre la piedra filosofal, con la esperanza de recuperar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan sobre esta mitaca piedra, que quizás ni siquiera existe. Sin embargo, los hermanos pronto aprenden que no son los únicos detrás de esta poderosa piedra.

Ha pasado un año desde la fallida Revelión Negra y la supuesta muerte de Zero. Britannia ha asignado al Área 11 el estado de reeducación correccional, donde dan ejemplo a los Elevens usando la fuerza bruta, para evitar cualquier futuro levantamiento y suprimir los pensamientos rebeldes. Sin saberlo el estudiante de instituto Lelouch, inconsciente de su pasado como Zero, se encuentra con una misteriosa mujer conocida como C.C., quien le revela su olvidado propósito y su verdadero ser. Destruyendo a su agresor y declarándose Zero de nuevo, Lelouch se prepara para finalizar lo que una vez empezó.

Japón ha sido invadida por el Imperio de Britannia y ahora es conocido como el “Area 11”, y sus ciudadanos como “Elevens”. El Imperio de Britannia se ha llevado el poder autónomo de Japón y ha impuesto sus leyes através del uso de Knightmares. El Imperio nunca ha flaqueado, pero algo está empezando a estallar…

El joven Britanniano, Lelouch, ha recibido un poder especial de una misteriosa chica, el Geass, un poder absoluto que permite al usuario dar una orden que no se puede desobedecer a cualquiera. Lelouch planea la destrucción del Imperio de Britannia usando el Geass como arma, sus metas son vengarse por la muerte de su madre y crear un mundo donde su inválida hermana, Nunally, pueda vivir en paz. Todo esto sabiendo que lo que delante le espera su padre, el Emperador de Britannia.