Confesión

A pesar de la gentil personalidad de Ryuji Takasu, sus ojos lo hacen parecer un delincuente intimidante. Tras ser cambiado de clase en su segundo año de escuela secundaria lo puso junto con su mejor amigo, Yusaku Kitamura, y la chica de la que esta enamorado, Minori Kushieda. Junto con ellos esta la mejor amiga de Kushieda, Taiga Aisaka. Su delicada apariencia contrasta con su brutal personalidad. En secreto ella esta enamorada de Kitamura, Taiga se compromete a ayudar a Ryuji con su interés amoroso, siempre y cuando él la ayude a acercarse al suyo.

Lucy, una diclonius (mutación y siguiente eslabón del Homo sapiens sapiens el cual se caracterizan por tener dos pequeños cuernos y por unos brazos invisibles de dos metros que les dan un poder tremendo), consigue escapar del recinto donde la estudiaban descuartizando a un buen número de guardias en el camino. Finalmente, un francotirador con un rifle antitanques le consigue atravesar el casco y la deja inconsciente, por lo que cae al mar y es arrastrada por la corriente hasta una playa. Allí es encontrada por Kohta y su prima Yuka, quienes la llevan al viejo restaurante al que se acaba de mudar Kohta. Debido al impacto, Lucy ha sufrido un desdoble de personalidad y ha pasado de ser una sádica asesina a una inocente muchacha que solo sabe decir Nyu, por lo que deciden llamarla así. A partir de aquí empieza a desarrollarse tanto la trama principal como una serie de tramas secundarias, donde entran en juego muchos más personajes.