Invocación

Pasan dos años después de que Naruto y Sakura se fueran a entrenar cada uno con su maestro sannin, en este caso, Naruto se fue con Jiraya y Sakura con Tsunade. Ya tienen 14 años y son unos geniales ninjas, Naruto ha aprendido muchas técnicas nuevas y ha perfeccionado el Kage Bunshin aparte de otras que ya las verán a lo largo de la serie, más una técnica secreta. Sakura ha aprendido todo sobre la medicina ninja, y se ha convertido en una ninja médico. Los otros personajes sin olvidarlos, también han evolucionado subiendo de rango de ninja (todos menos Naruto) y también los temas amorosos, Shikamaru ya tiene novia. Pero durante esos 2 años, los Akatsuki se han preparado para lo que viene. Empiezan a mover ficha yendo a buscar a los 9 demonios de chakra legendario (Kyubi, Shukaku de la arena y siete más) pues en esta segunda temporada, lo que va a tener mucha importancia serán los demonios legendarios y los Akatsuki, ya que se desvelarán los rostros de los miembros poco a poco.

La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero recibe el nombre de "caballero fallido" o "el peor caballero" debido a sus múltiples fracasos por su baja habilidad mágica. Sin embargo, un día, Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio, decide retarlo a un duelo. En este duelo, "el perdedor ha de jurar obediencia ante el ganador para el resto de su vida".