Entrenamiento

Pasan dos años después de que Naruto y Sakura se fueran a entrenar cada uno con su maestro sannin, en este caso, Naruto se fue con Jiraya y Sakura con Tsunade. Ya tienen 14 años y son unos geniales ninjas, Naruto ha aprendido muchas técnicas nuevas y ha perfeccionado el Kage Bunshin aparte de otras que ya las verán a lo largo de la serie, más una técnica secreta. Sakura ha aprendido todo sobre la medicina ninja, y se ha convertido en una ninja médico. Los otros personajes sin olvidarlos, también han evolucionado subiendo de rango de ninja (todos menos Naruto) y también los temas amorosos, Shikamaru ya tiene novia. Pero durante esos 2 años, los Akatsuki se han preparado para lo que viene. Empiezan a mover ficha yendo a buscar a los 9 demonios de chakra legendario (Kyubi, Shukaku de la arena y siete más) pues en esta segunda temporada, lo que va a tener mucha importancia serán los demonios legendarios y los Akatsuki, ya que se desvelarán los rostros de los miembros poco a poco.

La historia gira en torno a los Caballeros Mágicos, usuarios modernos de la magia que luchan con sus propias almas convertidas en armas. Ikki Kurogane asiste al colegio de estos caballeros, pero recibe el nombre de "caballero fallido" o "el peor caballero" debido a sus múltiples fracasos por su baja habilidad mágica. Sin embargo, un día, Stella, una princesa extranjera y la estudiante número uno del colegio, decide retarlo a un duelo. En este duelo, "el perdedor ha de jurar obediencia ante el ganador para el resto de su vida".

Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric intentan resucitarla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia funciona sobre la teoría del intercambio equivalente, y romper el tabú de la alquimia humana tiene un gran precio. Edward pierde su pierna y Alphonse todo su cuerpo. Edward es capaz de sellar el alma de Alphonse en el interior de una enorme armadura a costa de su brazo. Años más tarde Edward (ahora con dos miembros mecánicos y Alphonse (aun atrapado en la armadura) dejan la casa de su infancia. Edward, quien tiene un talento natural para la alquimia, se certifica nacionalmente y pronto es conocido como el Alquimista de Metal (Fullmetal Alchemist). Su verdadero objeto es buscar cualquier información sobre la piedra filosofal, con la esperanza de recuperar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan sobre esta mitaca piedra, que quizás ni siquiera existe. Sin embargo, los hermanos pronto aprenden que no son los únicos detrás de esta poderosa piedra.

En la escuela técnica de Shinigami, la serie gira alrededor de 3 grupos de cada uno, técnico de armas y un arma humana. Tratando de hacer de este último una "guadaña de la muerte" y por lo tanto aptos para su uso por los Shinigami, deben recoger las almas de 99 malvados humanos y 1 bruja.

Tsuna es un joven desdichado con bajas notas en los exámenes y menor autoestima. Su madre contrata a un tutor para ayudar a Tsuna, pero para sorpresa de los dos el tutor es un bebé llamado Reborn, que dice ser de la mafia. Reborn le informa a Tsuna que es el próximo heredero de la familia mafiosa Vongola e intenta ayudar a Tsuna a alcanzar esa meta. Reborn posee la bala de la Ultima Voluntadl, que mata a una persona y la devuelve a la vida para satisfacer el último arrepentimiento que tenía, e incluso trabaja para conseguirle algunos secuaces para convertirlo en un verdadero jefe de la mafia.