Universidad

Hideki Motosuwa, quien decide abandonar el campo e irse a estudiar en Tokio para luego ir a la universidad, vive en un tiempo en el que las computadoras personales han sido desarrolladas para parecer y desempeñar funciones humanas, siendo llamadas como "Persocon". En su primer día, encuentra una de ellas tirada en la basura, tras lo cual se la lleva a su apartamento. Tras descubrir que es un modelo ‘especial’, denominado como Chobit, tiene descubrir su naturaleza a medida que se enfrenta a problemas comunes de adolescentes.

Keitaro Urashima está decidido a ser aceptado en la Universidad de Tokio, la universidad japonesa con los exámenes de acceso más difíciles, debido a una promesa que hizo a una chica cuando era joven ... una muchacha cuyo nombre él ni siquiera puede recordar. Después de fallar los exámenes de ingreso dos veces, es expulsado de casa por sus padres y va a vivir con su abuela en su hotel, pero parece que se ha convertido en una casa de huéspedes para mujeres. Lo que es más, para su sorpresa y para el disgusto de las inquilinas. Keitaro se convierte gerente de la pensión.

Lucy, una diclonius (mutación y siguiente eslabón del Homo sapiens sapiens el cual se caracterizan por tener dos pequeños cuernos y por unos brazos invisibles de dos metros que les dan un poder tremendo), consigue escapar del recinto donde la estudiaban descuartizando a un buen número de guardias en el camino. Finalmente, un francotirador con un rifle antitanques le consigue atravesar el casco y la deja inconsciente, por lo que cae al mar y es arrastrada por la corriente hasta una playa. Allí es encontrada por Kohta y su prima Yuka, quienes la llevan al viejo restaurante al que se acaba de mudar Kohta. Debido al impacto, Lucy ha sufrido un desdoble de personalidad y ha pasado de ser una sádica asesina a una inocente muchacha que solo sabe decir Nyu, por lo que deciden llamarla así. A partir de aquí empieza a desarrollarse tanto la trama principal como una serie de tramas secundarias, donde entran en juego muchos más personajes.